Сюжет практически полностью совпадает с сюжетом оригинала. 2015 год. На планету Земля нападают пришельцы и начинают инопланетное вторжение. Игра ведется от лица командира секретной организации под названием XCOM, которая владеет самыми передовыми технологиями, вооружением и научными разработками. В ней работают самые лучшие специалисты — военные и ученые. Организация XCOM будет вести боевые действия против внеземного врага, угрожающего самому существованию человечества. Инопланетяне побеждают в войне, потому что очень сильно опережают людей по технологиям и оружию.